O IEE é constituído por:

• Divisões Científicas:

- Planejamento, Análise e Desenvolvimento Energético
- Tecnologia de Sistemas Elétricos
- Tecnologia de Petróleo, Gás Natural e Bioenergia
- Gestão, Ciência e Tecnologia Ambiental

• Divisão Técnica Administrativa e Financeira
• Divisão Acadêmica
• Órgãos da administração:

- Conselho Deliberativo (CD);
- Diretoria;
- Comissão de Pós-Graduação (CPG);
- Comissão de Pesquisa, Cultura e Extensão Universitária (CPqEx);
- Comissão de Graduação (CG);
-Comissão de Relações Internacionais.

• Organogramas:

- Organograma Geral do IEE  português | english
- Organização Laboratórios